डीएमईओ की अध्यक्षता महानिदेशक (डीजी) करते हैं। नीति आयोग स्तर पर, मूल्यांकन कार्य नीति आयोग के उपाध्यक्ष के समग्र मार्गदर्शन में किया जा रहा है। महानिदेशक के अलावा, डीएमईओ में कार्यात्मक अधिदेश की देखभाल के लिए उप महानिदेशक (एसएजी स्तर) के अतिरिक्त पद होने की परिकल्पना की गई है। कार्यात्मक प्रभागों को लॉजिस्टिक और प्रशासनिक सहायता एक संयुक्त सचिव स्तर के अधिकारी की अध्यक्षता में प्रशासनिक और वित्त प्रभाग द्वारा प्रदान की जाती है। संगठन संरचना नीचे दर्शाई गई है:

उपाध्यक्ष

मुख्य कार्यकारी अधिकारी

महानिदेशक

उप महानिदेशक

निदेशक

परामर्शदाता ग्रेड-।।
परामर्शदाता ग्रेड-।
यंग प्रोफेशनल

डीडी/एसआरओ/आरओ
ईओ/ईआई
एसएसओ/जेएसओ

संयुक्त सचिव (प्रशासन)

निदेशक प्रशासन

अवर सचिव
सहायक अनुभाग अधिकारी

वरिष्ठ लेखा अधिकारी

आर्थिक अधिकारी